Ứng dụng mã vạch DNA vùng ITS tự động trong định danh nấm Candida: Tiềm năng ứng dụng trong kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện - Trần, Tuấn Khôi; Trần, Đình Bình; Nguyễn, Viết Tứ; Hoàng, Lê Bích Ngọc; Võ, Văn Minh Quân; Kittipan, Samerpitak (Tạp chí Y Dược Huế, 2026)
Đặt vấn đề: Định danh nhanh và chính xác nấm Candida đến cấp loài hoặc phức hợp loài có vai trò quan trọng trong lựa chọn kháng nấm hợp lý và kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện. Công cụ mã vạch ITS tự động được xây dựng nhằm chuẩn hóa bước phân tích trình tự, giảm thiểu thời gian xử lý và tạo đầu ra thuận lợi cho tích hợp vào hệ thống xét nghiệm và giám sát kiểm soát nhiễm khuẩn. Mục tiêu: Mô tả các tính năng chính của công cụ định danh mã vạch ITS tự động và đánh giá hiệu năng nhận dạng trên bộ trình tự chủng nấm men lâm sàng thông qua các chỉ số chẩn đoán tiêu chuẩn. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Công cụ được xây dựng trên cơ sở dữ liệu ITS tham chiếu gồm 134 loài nấm y khoa thuộc 7 chi và hoạt động theo bốn bước: K-mer indexing, so sánh khoảng cách K2P với ngưỡng hiệu chỉnh theo chi, báo cáo phân cấp (loài/phức hợp/chi) và cờ cảnh báo loài ẩn. Bộ dữ liệu đánh giá gồm 145 trình tự ITS, trong đó 92 trình tự từ chủng nấm men phân lập lâm sàng tại Bệnh viện Srinagarind, Thái Lan, và 53 trình tự từ các chủng chuẩn ngoài cơ sở dữ liệu thu thập từ GenBank. Các chỉ số độ chính xác, độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương (PPV), giá trị tiên đoán âm (NPV) và thời gian xử lý được tính toán, đối chiếu với tiêu chuẩn vàng là phân tích cây phát sinh loài và so sánh hiệu năng với NCBI BLAST. Kết quả: Trên 145 trình tự được đánh giá, công cụ ghi nhận 90 dương tính thật, 52 âm tính thật, 1 dương tính giả và 2 âm tính giả. Độ chính xác đạt 97,9%, độ nhạy 97,8%, độ đặc hiệu 98,1%, PPV 98,9% và NPV 96,3%. Thời gian xử lý trung bình 0,93 giây/trình tự. Công cụ định danh đúng hoàn toàn ở mức loài đối với C. tropicalis (24/24), C. glabrata (9/9), C. krusei (4/4), và C. africana (6/6); đồng thời báo cáo an toàn ở mức phức hợp đối với C. albicans, phức hợp C. parapsilosis và phức hợp C. rugosa. So sánh với NCBI BLAST, công cụ tự động đạt độ chính xác cao hơn (97,9% so với 93,5%) và tốc độ xử lý nhanh hơn khoảng 10 lần (0,93 so với 10 giây/trình tự). Kết luận: Công cụ mã vạch ITS tự động cho thấy hiệu năng định danh cao, tốc độ xử lý nhanh và cơ chế báo cáo an toàn đối với các trường hợp khó. Giá trị nổi bật là tự động hóa phân tích trình tự, chuẩn hóa kết quả đầu ra và tiềm năng tích hợp vào quy trình quản lý kháng nấm và giám sát kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện.