Phân tích dữ liệu chất chuyển hóa thứ cấp trong cây bình bát (Annona glabra L.) hướng tác dụng ức chế FtsZ in silico - Bùi, Quốc Dũng (Tạp chí Y Dược Huế, 2024)
Đặt vấn đề: Bình bát (Annona glabra L.) là một loài phân bố rộng rãi ở nước ta với nhiều hoạt tính như chống ung thư, kháng HIV, kháng khuẩn, trị sốt rét, tiêu chảy, diệt ký sinh trùng, …Quá trình sàng lọc in vitro cho thấy dịch chiết methanol của Annona glabra L., ức chế hoạt tính của FtsZ GTPase nổi trội. Nghiên cứu này nhằm khảo sát khả năng ức chế FtsZ GTPase in silico của các chất chuyển hoá thứ cấp trong cây Bình bát. Phương pháp nghiên cứu: Chất chuyển hoá của Bình bát được sưu tập từ các bài báo trong thư viện Pubmed, Researchgate…. Cấu trúc tinh thể 6YD5 trên ngân hàng cơ sở dữ liệu protein PDB được lựa chọn để xây dựng mô hình docking. Quá trình docking thực hiện trên phần mềm LeadIT. Dữ liệu được xử lý và trực quan hoá với ngôn ngữ lập trình Python. Kết quả: 192 cấu trúc trong Bình bát được sưu tầm từ năm 1991 đến năm 2015. Mô hình docking được xây dựng thoả mãn yêu cầu. 37 chất docking thành công từ 140 cấu trúc không trùng lắp. (−)-Roemerolin là một alkaloid aporphin cho điểm số docking thấp nhất -19,7 kJ/mol. Các cấu trúc tiềm năng phân bố chủ yếu ở lá, thân, quả. Kết luận: Phân đoạn cloroform của Bình bát chứa phong phú các alkaloid, amid và polyphenol là phân đoạn tiềm năng ức chế FtsZ. Alkaloid đa vòng aporphin, azaanthraquinon, protoberberin cung cấp cấu trúc khởi đầu cho việc tìm kiếm thuốc kháng khuẩn hướng mục tiêu mới.